NGS 라이브러리에서 의미없는 리드를
제거하여 사용 가능한 데이터 양을 높여 드립니다.
Jumpcode Genomics 제품군
CRISPRclean® Single Cell RNA Boost Kit
cat.no. KIT1018
CRISPRclean으로 사용 가능한 single cell RNA seq 데이터를 증가시킵니다. Single cell 데이터 분석은 cell clustering과 downstream 분석 전에 특정 필터링과 normalization 과정을 거칩니다. 이러한 in silico 분석을 통한 리드 제거 대신, CRISPRclean은 시퀀싱 전에 워크플로우에서 사용하지 않는 리드를 제거하여 UMI와 gene sensitivity를 극대화합니다.
CRISPRclean® Single Cell RNA Boost Kit는 10x Genomics로부터 CPP (호환 가능 파트너 프로그램)를 획득한 제품으로, 10x Genomics 워크플로우에 적용하여 그 성능을 검증하였습니다.
Boost usable single cell RNA seq data with CRISPRclean.
2x
1.5x
transcriptomic reads
increase in genes detected per cell*
50%
decrease in sequencing reads*
3
simple steps
CRISPRclean® Plus Stranded Total RNA Prep with rRNA Depletion
(Human, Mouse, Rat, Pan Bacteria)
cat.no. KIT1016
박테리아와 인간 세포가 혼합되어 있는 복잡한 샘플은 모두 ribosomal RNA를 발현합니다. 이러한 샘플에 CRISPRclean을 사용하여 효과적으로 rRNA를 제거할 수 있습니다. 시퀀싱에 앞서 in vitro에서 uninformative bacterial reads를 제거하여 80%이상의 시퀀싱 리드를 재분포시켜 낮은 발현량의 전사체 정보를 분석할 수 있습니다.
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간소화된 CRISPRclean workflow: ribodepletion으로 total RNA library prep
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진행생물과 박테리아 rRNA가 섞여 있는 샘플 분석시 이상적임
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Nasopharyngeal(NSP) 샘플에서 SARS-CoV-2 및 다른 게놈의 커버리지가 3~7배 증가
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바이러스 게놈 데이터, 마이크로바이옴 조성, 동시 감염 및 숙주 유전자 발현 등을 단일 워크플로우로 검출
Identify lower expressing transcripts with CRISPRclean Plus.
200+
bacteria species targeted for ribosomal RNA removal
3-7X
increase in microbial coverage in NSP samples
1
day workflow
CRISPRclean Stranded Total RNA Prep with rRNA Depletion
(Human, mouse, rat)
cat.no. KIT1014
RNA 시료에는 대개 90% 이상이 rRNA입니다. 필요없는 RNA 시퀀스를 제거하지 않고 transcriptome 시퀀싱을 진행할 경우 시퀀스 용량이 줄어들 뿐 아니라, 상대적으로 발현량이 낮은 전사체는 검출하기 어렵습니다. CRISPRclean을 이용으로, 효과적으로 의미없는 rRNA를 시퀀싱 전에 제거할 수 있습니다.
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CRISPR-Cas9 기술을 이용하여 하나의 튜브에서 효과적으로 multi-species depletion
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불필요한 리드를 제거하여 민감도를 높여, 낮은 발현량의 전사체 분석
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최적화된 library preparation과 depletion workflow 제공
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일관된 전체 길이, 균일한 전사체 커버리지 및 높은 라이브러리 복잡성 제공
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One day workflow: 총 7.5시간 정도 소요되며, hands-on time은 3시간
Specific, unbiased rRNA depletion and library prep for RNA-Seq.
90%
of total RNA is overabundant ribosomal
98%
strand specificity
1
day workflow
CRISPRclean® Bulk Ribodepletion Reagents
(Human, mouse, rat)
cat.no. KIT1026
CRISPRclean Bulk ribodepletion Reagent제품은 human, mouse, rat rRNA샘플에서 필요 없는 부분을 제거하여 시퀀싱의 민감도 개선에 도움이 됩니다. High throughput screening application시에 적합하며, depletion 과정을 라이브러리 이후 단계로 이동하여, 최대 96개의 라이브러리 다중 풀에서 depletion이 가능합니다.
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DRUG-Seq 및 고처리량 전사체 프로파일 스크리닝에 적합
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단일 풀에서 최대 96개의 RNA-Seq 라이브러리 제거
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샘플당 99% 이상의 rRNA 제거
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Automation-friendly protocol
CRISPRclean® RNA Depletion Panels
CRISPRclean High Expressing RNA Depletion kit을 이용하여 시퀀싱에 앞서 가장 많이 발현되는 transcript를 제거하여 관련된 transcript에 대해 시퀀싱 리드를 70% 이상 높여, 발현양이 낮은 transcript나 rare isoform의 검출을 최대화할 수 있습니다. 또한, CRISPRclean tissue-specific RNA depletion panels을 이용하여 highest expressing transcript를 제거하여 UMI와 gene sensitivity를 극대화하여 unique relevant transcript coverage를 증가시킵니다.
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CRISPRclean® High Expressing RNA Depletion Kit - cat.no. KIT1020
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CRISPRclean® RNA Depletion Panel (for Liver tissue) - cat.no. KIT1022
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CRISPRclean® RNA Depletion Panel (Globin) - cat.no. KIT1024
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CRISPRclean® RNA Depletion Panel (Insulin) -cat.no. KIT1025
